• 내시경을 빼낸 후 즉시 내시경 표면에 묻어있는 분비물이나 혈액을 잘 닦는다.
• 내시경의 각종 내강을 깨끗한 물이나 공기로 흡인, 세척하며 겸자공 (Biopsychannel)은 솔로 잘 닦는다.
• 겸자공 (Biopsychannel) 내부를 소독액으로 여러 차례 세척한 후 깨끗한 물로 잘 씻어낸다.
• 내시경 삽입부 (insertion tube) 를 잘 씻어낸다.
• 내시경 전체를 70% 알코올을 거즈로 닦는다.
• 공기를 주입하여 겸자공내의 습기를 없앤다.

당일 마지막 검사 후에 내시경을 다음날까지 충분히 소독하는 방법으로 최소 1시간 이상 소독액에 담그도록 한다.

(소독액 및 균의 종류에 따라 차이가 있을 수 있음.)

이 외에 EO가스 소독, 자외선 소독을 이용할 수 있다.

• 마우스 파-스는 매 검사마다 교환하고 검사종료 후 멸균 소독한다.
• 겸자공 고무마개는 매 검사마다 교환하고 검사종료 후 소독한다.
• 생검겸자 및 처치용구는 매 사용 후 70% 알코올을 사용 소독한다.
• 물병 및 흡인용 연결관은 그 날의 모든 내시경검사 종료 후 배액하고 물로 청소하고 알코올을을 관류시켜 청결하게 유지한다.